Las fístulas digestivas se sitúan por lo general a nivel del estómago, de los intestinos o del colon. A menudo son debidas a la complicación de una enfermedad digestiva como en el caso de una perforación de una úlcera duodenal o gástrica por ejemplo, por un problema aparecido como consecuencia de una intervención quirúrgica o mas raramente por un traumatismo. El contenido del tubo digestivo es vertido en otro órgano, digestivo o no, en la cavidad abdominal, a veces directamente a la piel. En caso de derrame de materias fecales en la vejiga, a través de una fístula urodigestiva, las heces pueden ser emitidas a través de la orina. El tratamiento de este tipo de fístula es quirúrgico.