El ecosistema es el conjunto de los componentes vivos de una zona y del entorno que los rodea. En medicina, podemos hablar de ecosistema a nivel de ciertos órganos o zonas del cuerpo. Por ejemplo, el ecosistema del tubo o flora digestiva es un grupo de bacterias que habitan en el aparato digestivo desde el nacimiento.
Si el equilibrio del ecosistema del tubo digestivo es perturbado, como por ejemplo en el caso de modificaciones alimentarias o en caso de agresión por otros gérmenes, aparecerán disturbios gástricos como las diarreas.