Son por las hormonas, está puede llegar a retrasar tu pedido, si duro dos días podría ser signo de concepción (embarazo) pero si dices que volvió es por qué se adapto tu cuerpo a la pastilla.
Las pastillas de emergencia se recomienda utilizarse una vez al mes maximo por qué estás provocan desarreglos menstruales por la hormona, te sugiero que tomes otras medidas anticonceptivas como las inyecciones, parches o el DIU incluso las pastillas que se toman diario, cualquier anticonceptivos que usas te pasara lo mismo como sangrados largos o cortos incluso no te llega la menstruación.
Recomiendo el condón para evitar algún contagio.
Cuídate