También denominado genes arquitectos, los genes homeóticos son los genes que determinan el sitio de los órganos y de los miembros en el organismo. No sólo son responsables de la formación sino también de la organización. Fueron descubiertos por primera vez en la mosca drosóphila. Su mutación permite sustituir un órgano por otro, por ejemplo, antenas por patas. Gracias a estos genes se realiza la segmentación del cuerpo del embrión.