La pigmentación es la concentración de sustancias coloreadas denominados pigmentos en ciertas células o tejidos del organismo. Hay muchos tipos de pigmentos. En los seres humanos, la pigmentación más visible es en la piel, el iris que es la parte coloreada del ojo y en el pelo.
Los pigmentos son los responsables también del color de la sangre: es la hemoglobina la que le dá el color rojo a la sangre. La orina es más o menos amarilla dependiendo de la cantidad de un producto de degradación de la bilirrubina, un pigmento amarillo, y las heces son de color marrón debido a la degradación del mismo pigmento después de su paso por el tubo digestivo.
La pigmentación depende de factores genéticos, como el color de los ojos, y de factores ambientales tales como la piel que se broncea al sol bajo la acción de la melanina. Muchas enfermedades pueden modficar ciertas pigmentaciones como la lepra, la insuficiencia renal, el albinismo ...