Hola, depende mucho en que parte del pene sientas comezón, si es en el glande debes de revisar si no tiene un cambio de coloración o se vea irritado ya que puede tratarse una una balanitis, si fuera así deberías acudir a un urólogo para que te recomiende una crema.
Otra causa de comezón sería que padescas de fimosis, es decir no puedas retraer tu prepucio y dejar descubierto el glande y al no poder bajar el prepucio es difícil la higiene en esa zona lo que conlleva a qué acumule la suciedad que causa la comezón e irritación