Las bacterias saprofitas son las bacterias que no se desarrollan en el organismo vivo y que se alimentan de los desperdicios de alimentos generados por el propio organismo. En contraposición tenemos a las bacterias patógenas, que entran en el cuerpo y crecen dentro del organismo y que puede causar infecciones. La mayoría de las bacterias saprofitas son inofensivas para los humanos, pero algunas pueden ser dañinas a través de las toxinas que segregan. Hay muchas especies de bacterias saprofitas en el cuerpo humano y se localizan en la piel, el tracto gastrointestinal y la flora vaginal de las mujeres.