Las bacterias patógenas son las bacterias que atacan al organismo. Se oponen a las bacterias llamadas saprofitas que están presentes en los organismos vivos y que se alimentan de materia orgánica muerta sin que el organismo desarrolle mecanismos de defensa contra ellas.
Las bacterias patógenas penetran en el organismo y pueden causar problemas más o menos severos desarrollándose en detrimiento de este organismo. Pueden ser eliminadas de forma natural por las células inmunitarias que las reconocen como extrañas.
En caso de respuesta insuficiente del organismo o de resistencia de estas bacterias, el tratamiento con antibióticos es necesario para combatir su proliferación. Las personas con el sistema inmunitario debilitado son más susceptibles a las bacterias patógenas.