La microbiota es el término que se utiliza para designar los microorganismos que viven en un entorno específico, llamado a sí mismo microbioma. Estos microorganismos pueden ser hongos, levaduras, bacterias o virus. Por ejemplo, se habla de microbiota intestinal para describir todos los organismos que se desarrollan en los intestinos. Existen muchos tipos de microbiotas entre los que se incluyen la microbiota vaginal o la microbiota de la piel. El metagenoma corresponde al genoma de la microbiota.