Llamamos flora microbiana (o microbiota) a la totalidad de los microorganismos que se encuentran en un entorno específico. Entre los microorganismos de la flora microbiana encontramos levaduras, bacterias, virus u hongos. Hablamos de la flora microbiana de la vagina, de la piel y de los intestinos. A nivel de los intestinos, la flora microbiana contiene más microorganismos que en el resto del cuerpo humano. La contaminación por agentes infecciosos está limitada por la flora microbiana.