Hola,
Si la menstruación tiene una duración normal de 3 a 4 días entonces tuviste relaciones sexuales el día 11 o 12 del ciclo menstrual lo cual son días muy posiblemente fértiles. Te sugiero que si tienes retraso menstrual te realices un test de embarazo y acudas a tu ginecólogo para que se confirme el embarazo o lo descarte.