A las dosis recomendadas, el uso de Pharmaton no se asocia con efectos adversos serios. Sin embargo, se han reportado en algunas ocasiones efectos gastrointestinales leves y transitorios (náuseas, dolor de estómago y diarrea), insomnio y reacciones alérgicas (erupciones cutáneas).
En caso de dosis altamente excesivas (15 veces la dosis propuesta), se han descripto reacciones de hipertensión, nerviosismo e irritabilidad (síndrome de abuso por Ginseng, que se agrava con el consumo de cafeína).
Puede provocar hipoglucemia al principio del tratamiento.