No, no lo altera.
Si te ha salido positivo es que ya estabas embarazada de antes. Confírmalo en el ginecólogo con la prueba en sangre.
La pastilla solo funciona si la tomas después de la relación de riesgo, como mucho 3 días después (y puede fallar). Por eso sí no se quieren hijos hay que usar métodos anticonceptivos.