El diagnóstico de la intolerancia al gluten es difícil de realizar.
Consiste en un análisis de sangre y una biopsia intestinal.
La biopsia, realizada durante una endoscopía, permite determinar la atrofia vellositaria. La biopsia es el examen indispensable para diagnosticar con precisión, incluso si la serología es positiva (presencia de anticuerpos).
Si una dieta sin gluten provoca la mejoría, la desaparición de síntomas y la restauración de vellosidades intestinales (entre 12 y 18 meses), entonces se confirma el diagnostico de la intolerancia al gluten.