Un tratamiento de sustitución consiste en sustituir una sustancia por otra. Los tratamientos de sustitución se utilizan, sobretodo, en las curas de desintoxicación: en estos casos se prescribe una sustancia relativamente cercana a la droga que se utiliza habitualmente pero mucho menos nociva para el organismo. Así se ayuda al paciente a desprenderse de una forma progresiva de su adicción. Otro tratamiento de sustitución, por ejemplo, es el tratamiento nicotínico, empleado para dejar de fumar. Existen, también, tratamientos sustitutivos hormonales que consisten en administrar hormonas a pacientes que sufren de una carencia de una hormona determinada (por ej. en la mujer menopáusica o en las personas que sufren de hipotiroidismo).