La malabsorción de la vitamina D es una dificultad para absorber la vitamina D a nivel del intestino, que puede ser debida a diversas patologías como una enfermedad de Crohn (que afecta al intestino delgado), a un problema en las vías biliares (malabsorción de las grasas) o a la mucoviscidosis (que se manifiesta por una afección pulmonar). La malabsorción de vitamina D provoca dificultades para su síntesis y esto puede provocar una carencia con riesgos aumentados de fracturas óseas, o, en los niños, la aparición de deformidades óseas.