La mayoría de los pacientes jóvenes y sexualmente activos que presentan úlceras en la zona genital o perianal tienen herpes o sífilis. En algunos casos puede haber, además, una sobreinfección. La frecuencia de cada infección es diferente según las zonas. No todas las úlceras genitales están causadas por ETS.
En aproximadamente un tercio de los casos no se llega a un diagnóstico etiológico. Toda úlcera ano-genital debe ser considerada herpética o sifilítica mientras no se demuestre lo contrario.
En el 25% de los pacientes no se llega a un diagnóstico de confirmación tras las pruebas de laboratorio.
Siempre hay que solicitar una serología luética (sífilis) y un examen en campo oscuro (si está disponible) o inmunofluorescencia directa para Treponema pallidum.
Hay que realizar también cultivo (en medios especiales) o test antigénico para el herpes y realizar un Cultivo para H. ducreyi.
Solicitar serología para VIH (la presencia de úlceras genitales supone un aumento de riesgo de contagio por VIH) y hepatitis.