En algunas mujeres puede ser normal tener poco sangrado durante la menstruación. Esta situación puede ser de origen genético. El embarazo se puede producir con normalidad con este flujo menstrual disminuido y la incidencia de infertilidad es la misma que en mujeres con un flujo menstrual normal. La hipomenorrea es, sin embargo, técnicamente una anormalidad del flujo menstrual: por lo tanto, se debe recurrir al médico para descartar problemas médicos que puedan ser los responsables.
La disminución del flujo menstrual es un efecto secundario frecuente cuando se utilizan los métodos anticonceptivos hormonales (anticonceptivos orales, los dispositivos intrauterinos o DIU que liberan hormonas como el DIU con progestágeno), los parches anticonceptivos o los implantes hormonales. El relativamente bajo contenido de estrógeno de la mayoría de los anticonceptivos hormonales reduce el crecimiento del endometrio, por lo que se reduce la cantidad de endometrio que se desprende durante la menstruación. Muchas mujeres consideran esto como un efecto secundario positivo de la anticoncepción hormonal.
El sangrado menstrual leve es normal en los extremos de la vida reproductiva, es decir, justo después de la pubertad y antes de la menopausia, ya que la ovulación es irregular en ese momento y el endometrio se desarrolla irregularmente.
Otra posible causa de hipomenorrea es la ausencia de ovulación debida a un bajo nivel de hormona tiroidea, o a niveles altos de prolactina, insulina, andrógeno, o a problemas de regulación de otras hormonas.
Puede desarrollar como único síntoma aparente hipomenorrea o amenorrea. La cantidad de déficit de flujo menstrual está estrechamente relacionada con la extensión de las adherencias.
Puede cursar con escasa cantidad de flujo menstrual debido a que la superficie de sangrado es más pequeña de lo normal. Puede aparecer cuando la cavidad endometrial se ha reducido de tamaño durante una miomectomía u otra operación quirúrgica del útero. Rara vez aparece por hipoplasia (menor candidad de células) uterina puesto que ésta normalmente se debe una menor actividad hormonal de los ovarios, que da lugar a menstruaciones infrecuentes (oligomenorrea) en lugar de escasas.
Los factores psicógenos como el estrés debido a los exámenes, o una excitación excesiva sobre un próximo evento pueden causar hipomenorrea. Estos factores suprimen la actividad de los centros del cerebro que estimulan los ovarios durante el ciclo menstrual, produciéndose una reducción de las hormonas (estrógeno y la progesterona) que producen los ovarios.
El exceso de ejercicio y una dieta demasiado estricta pueden causar períodos menstruales escasos si la proporción de grasa corporal cae por debajo de cierto nivel. También puede causar una total ausencia de períodos o amenorrea.